省エネや地球温暖化対策といった部署のほかに、いわゆる公害防止の分野もあります。環境改善部では、大気汚染や悪臭、騒音、振動、土壌汚染対策を統括し、規制や指導、監視測定をおこなっています。アスベスト対策や光化学スモッグ情報などもこちらで扱います。
化学物質の適正管理や土壌汚染対策、有害大気汚染物質（ダイオキシン含む）の監視、地下水の水質汚濁や土壌汚染に関する業務もあります。
火薬取り扱い、電気工事士、高圧ガスなどの危険物を取り扱う業務や、自動車環境対策として低公害車や低燃費車の普及促進やディーゼル車の排気ガスの規制指導といった自動車に関わる環境を統括する部署もあります。
自然環境部では、自然環境保全、野生動植物の保護、森林再生、鳥獣保護や、緑地保全、自然公園に関する計画や調整をおこないます。東京都は実は広く、小笠原諸島などの世界自然遺産もあれば、多摩地域でも豊かな自然が残っていて、自然保護教育やエコツーリズムにも力を入れています。
水環境や水辺、東京湾の環境保全、河川等水質に関する業務もあり、中にはゴルフ場の農薬対策といった項目もあります。